简介
Digital Imaging of Root Traits（DIRT）是一个使用DIRT成像协议计算70多种表型特征的计算机平台，其主要思路是通过计算机处理根系图片给出表型特征，这种方法作为2014年10月的Plant Physiology的封面，其软件平台2015年11月上线PlantMethods。
具体的测定表型特征可见官方入门手册
操作步骤
首先打开网址
选择右上角register或login，需要提供iplant账号。
在上方ROOT下有create root image collection，点击进行创建图片集，然后在图片集中进行上传（upload）
然后勾选分析的图像，同时可以点击Calibrate Threshold对图像进行校准，校正完成后会返回图像共目视检验
下面是最主要的一步
RSA Trait Computation
首先点击COMPUTATIONS菜单下的CREATE
COMPUTATION创建计算
然后可在COMPUTATIONS菜单下的My查看计算结果
自动生成csv文件，可进行下载
导出的数据见下方
setwd("C:/Users/Administrator/Desktop")
> library(readxl)
> shuju<-read_xlsx("root.xlsx",sheet = 2)
> shuju
# A tibble: 1,241 x 9
IMAGE_ID IMAGE_NAME AREA AVG_DENSITY WIDTH_MED WIDTH_MAX RTP_COUNT ANG_TOP ANG_BTM
<dbl> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 750867 1-1.jpg 17359 12.0 140. 176. 284 67.6 51.4
2 750868 1-2.jpg 21682. 11.0 154. 175 376 66.7 48.2
3 750869 1-3.jpg 22450. 12.0 140. 164. 348 67.6 46.3
4 750870 2-1.jpg 8121. 8.16 84.3 107. 278 52.5 36.4
5 750871 2-2.jpg 7346. 4.74 69.4 85.0 213 46.2 29.6
6 750872 2-3.jpg 7737. 4.06 76.0 107. 312 48.6 32.3
7 750873 3-1.jpg 13176. 4.52 112. 129. 527 64.0 42.9
8 750874 3-2.jpg 13344. 6.92 119. 139. 480 62.8 44.4
9 750875 3-3.jpg 15414. 6.34 108. 121. 422 61.8 40.4
10 750876 5-1.jpg 12223. 11.8 143. 171. 571 67.9 51.5
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