先康康tassel啥样
tassel5是由康奈尔实验室开发的生物分析软件，在谷歌搜索tassel5进行下载就完事了。
安装完毕，打开tassel界面
先介绍目录框
【file】
主要进行数据的读取，存储
- open
- open as
- save as
等等【data】
主要进行表格数据的处理
- intersect join用的地方比较多
【impute】
以不同的方法进行填充数据
【filter】
进行质控
- traits：筛选表型列
- sites：对位点进行筛选
- taxas：对个体进行筛选
【analysis】
分析，gwas操作的主要部分
- diversity：在多自交系下较少用到，没什么意义
- relatedness：包括PCA、构建亲缘矩阵、聚类分析等
- association：gwas的主要部分，包括一般线性模型（GLM）和混合线性模型（MLM）等
导入数据
我们需要以下数据
-
- 表型数据：通过file-open打开
-
- 基因型数据
- 为plink数据格式，选取open as-plink，选择对应.ped与.map文件
- 其他数据格式：open as-选取相应格式，一般是用hapmap格式来着，要是软件上找不到对应格式，请反思自己想不开保存的是个啥格式（误）。
打开后 应该如上图，最上方显示snp位点名称or位置；左侧显示自交系名称，表格内标注snp位点，其中黄色为主要位点，蓝色为次等位点，空白为数据缺失。
注：tassel好像不怎么对数据进行缺失质控，若需要质控可以通过plink进行质控（见gwas学习笔记）后导入
数据质控
选取snp数据后，在filter-sites打开snp位点质控面板，如下图
其中最为重要的是minimum frequency ，即设置maf质控的阈值，即小于阈值的次等基因进行筛选，点击remove minor snp states会把小于设置阈值的次等基因位点移除。
在filter-filter genotype table taxa 打开个体质控面板
其中min/max heterzygous proportion 控制杂合率，自行设置。
最为重要的质控部分就差不多了，其他质控部分根据需要调整
观察表型数据
选取玉米育种中一个很重要的ss-nss指标作为协变量
表型数据
我们选择表型中的area，ss-nss数据中的ss与ns数据，这个选择通过filter-traits进行
计算协变量
一般可以通过亲缘关系矩阵或pca结果作为协变量加入gwas，这里我们采用亲缘关系矩阵，通过analysis-relatedness-kinship构建
进行gwas 的数据拼图我们拿齐了
整合数据
将两个表现数据表与过滤后的基因型数据合并，通过data-intersect join实现
结果如图
进行gwas分析
选择kinship矩阵和合并后的数据，通过analysis-association-mlm进行分析，因为加入亲缘矩阵，所以用mlm，不加亲缘矩阵就用glm
然后让他跑啊跑完
（跑跑太慢了，我拿其他跑好的数据意思意思一下）
在输出的三个文件中寻找到有p列存在的数据表，一般是第二个文件
结果可视化
在results下选择Manhattan plot 和qq图（最重要的部分），等跑完就可以了
实话实话这个图画的还挺不好看的，可以用r语言画画曼哈顿图，然后标注基因marker
写在最后
把科研学习变成一件快乐的事情，就会快乐许多呢。
祝各位科研快乐~